1. Al-Qur’an Hadis
Masalah dasar-dasar ilmu Al-Qur’an dan al-Hadis, meliputi: 1) Pengertian Al-Qur'an menurut para ahli, Pengertian hadis, sunnah, khabar, atsar dan hadis qudsi, Bukti keotentikan Al-Qur’an ditinjau dari segi keunikan redaksinya, kemukjizatannya, dan sejarahnya, Isi pokok ajaran Al-Qur’an dan pemahaman kandungan ayat-ayat yang terkait dengan isi pokok ajaran Al-Qur’an, Fungsi Al-Qur’an dalam kehidupan, Fungsi hadis terhadap Al-Qur’an, Pengenalan kitab-kitab yang berhubungan dengan cara-cara mencari surat dan ayat dalam Al-Qur’an, Pembagian hadis dari segi kuantitas dan kualitasnya.
Tema-tema yang ditinjau dari perspektif Al-Qur’an dan al-Hadis, yaitu: Manusia dan tugasnya sebagai khalifah di bumi, Demokrasi dan musyawarah mufakat, Keikhlasan dalam beribadah, Nikmat Allah dan cara mensyukurinya, Perintah menjaga kelestarian lingkungan hidup, Pola hidup sederhana dan perintah menyantuni para duafa, Berkompetisi dalam kebaikan, Amar ma‘ruf nahi munkar, Ujian dan cobaan manusia, Tanggung jawab manusia terhadap keluarga dan masyarakat, Berlaku adil dan jujur, Toleransi dan etika pergaulan, Etos kerja, Makanan yang halal dan baik, Ilmu pengetahuan dan teknologi
2. Akidah-Akhlak
Ruang lingkup mata pelajaran Akidah-Akhlak di Madrasah Aliyah meliputi:
a. Aspek akidah terdiri atas: prinsip-prinsip akidah dan metode peningkatannya, al-asmq’ al-husnw, konsep Tauhid dalam Islam, syirik dan implikasinya dalam kehidupan, pengertian dan fungsi ilmu kalam serta hubungannya dengan ilmu-ilmu lainnya, dan aliran-aliran dalam ilmu kalam (klasik dan modern),
b. Aspek akhlak terpuji meliputi: masalah akhlak yang meliputi pengertian akhlak, induk-induk akhlak terpuji dan tercela, metode peningkatan kualitas akhlak; macam-macam akhlak terpuji seperti husnuz-zan, taubat, akhlak dalam berpakaian, berhias, perjalanan, bertamu dan menerima tamu, adil, rida, amal salih, persatuan dan kerukunan, akhlak terpuji dalam pergaulan remaja; serta pengenalan tentang tasawuf.
c. Aspek akhlak tercela meliputi: riya, aniaya dan diskriminasi, perbuatan dosa besar (seperti mabuk-mabukan, berjudi, zina, mencuri, mengonsumsi narkoba), isrwf, tabzir, dan fitnah.
d. Aspek adab meliputi: adab kepada orang tua dan guru, adab membesuk orang sakit, adab berpakaian, berhias, perjalanan, bertamu dan menerima tamu, melakukan takziyah, adab bergaul dengan orang yang sebaya, yang lebih tua yang lebih muda dan lawan jenis, Adab membaca Al-Qur’an dan berdoa.
e. Aspek Kisah meliputi: Kisah kelicikan saudara-saudara Nabi Yusuf a.s., Ulul Azmi, Kisah Sahabat: Fatimatuzzahrah, Abdurrahman bin Auf, Abu Dzar al-Ghifari, Uwes al-Qarni, al-Ghazali, Ibn Sina, Ibn Rusyd dan Iqbal
3. Fikih
Ruang lingkup mata pelajaran Fikih di Madrasah Aliyah meliputi : kajian tentang prinsip-prinsip ibadah dan syari’at dalam Islam; hukum Islam dan perundang-undangan tentang zakat dan haji, hikmah dan cara pengelolaannya; hikmah kurban dan akikah; ketentuan hukum Islam tentang pengurusan jenazah; hukum Islam tentang kepemilikan; konsep perekonomian dalam Islam dan hikmahnya; hukum Islam tentang pelepasan dan perubahan harta beserta hikmahnya; hukum Islam tentang wakwlah dan sulhu beserta hikmahnya; hukum Islam tentang daman dan kafwlah beserta hikmahnya; riba, bank dan asuransi; ketentuan Islam tentang jinwyah, hudyd dan hikmahnya; ketentuan Islam tentang peradilan dan hikmahnya; hukum Islam tentang keluarga, waris; ketentuan Islam tentang siywsah syar’iyah; sumber hukum Islam dan hukum taklifi; dasar-dasar istinbwt dalam fikih Islam; kaidah-kaidah usul fikih dan penerapannya.
4. Sejarah Kebudayaan Islam
Ruang lingkup mata pelajaran Sejarah Kebudayan Islam di Madrasah Aliyah meliputi:
- Dakwah Nabi Muhammad saw. pada periode Makkah dan periode Madinah.
- Kepemimpinan umat setelah Rasulullah saw. wafat.
- Perkembangan Islam periode klasik/zaman keemasan (pada tahun 650 M – 1250 M).
- Perkembangan Islam pada abad pertengahan/zaman kemunduran (1250 M – 1800 M).
- Perkembangan Islam pada masa modern/zaman kebangkitan (1800-sekarang).
- Perkembangan Islam di Indonesia dan di dunia.
5. Bahasa Arab
Mata pelajaran bahasa Arab di Madrasah Aliyah terdiri atas bahan yang berupa wacana lisan dan tulisan berbentuk paparan atau dialog tentang perkenalan, kehidupan keluarga, hobi, pekerjaan, remaja, kesehatan, fasilitas umum, pariwisata, kisah-kisah Islam, wawasan Islam, hari-hari besar Islamdan tokoh-tokoh Islam untuk melatih keempat aspek kemampuan berbahasa, yaitu menyimak, berbicara, membaca, dan menulis.